Tomáš Murár se v rámci své pedagogické činnosti zabývá historiografií, teorií a metodologií dějin umění od antiky po současnost, vede speciální cvičení a semináře zabývající se otázkami jak přistupovat k interpretaci zejména malířských děl od 15. do 20. století se zřetelem zejména k dějinám italského malířství. V rámci svého odborného výzkumu, který realizuje také v Ústavu dějin umění AV ČR se zabývá středoevropskými dějinami umění 19. a 20. století, zaměřuje se především na vliv teorií dějin umění takzvané Vídeňsé školy dějin umění. Na toto téma organizoval tři mezinárodní konference, (2019 The Influence of the Vienna School before and after 1918; 2021 The 100th Anniversary of Max Dvořák’s Death; 2023 Origins, Modifications, and Influences of Its Theoretical Concepts) a spolupracuje s anglickým Journal of Art Historiography na přípravě sborníků z těchto konferencí. Podílí se také na přípravě překladové řady z filosofie, teorie a estetiky umění pro nakladatelství Academia s názvem Ars – Philosophia/Aesthetica/Theoria (2021 A. C. Danto, Po konci umění; 2023 R. Barilli Věda o kultuře a fenomenologie stylů) a pravidelně publikuje články zaměřené na teorii, historiografii a metodologii dějin umění v domácích i zahraničních odborných periodikách.

Nejdůležitější publikace:

• Tomáš Murár, Za obrazem. Teorie obrazu Romana Ingardena a význam abstraktního umění, Filosofický časopis 71, 2023/2, s. 215–228.
• Tomáš Murár, Die Tragik in der Kunst Michelangelos als Max Dvořáks Vermächtnis in der Kunstgeschichte Hans Sedlmayrs, Folia Historiae Artium 20, 2022.
• Tomáš Murár, The Dark Side of the End of Art. In: Vojtěch Kolman – Tomáš Murár (eds.), Devouring One’s Own Tail. Autopoiesis in Perspective. Praha: Karolinum 2022, s. 135–151.
• Tomáš Murár, Nighthawks in The Age of Anxiety. Interpretation of the painting by Edward Hopper by means of the „Baroque Eclogue“ of Wystan Hugh Auden, Umění /Art 3, LXV, 2017, s. 244–261.
• Tomáš Murár, Umění jako princip a zákonitost. K dějinám a metodologii umění Vojtěcha Birnbauma / Art as Principle and Pattern. Vojtěch Birnbaum’s Concept and Method of Art History, Kostelec nad Černými lesy: Archiv výtvarného umění, z.s. 2017.