Tomáš Murár se v rámci své pedagogické činnosti zabývá historiografií, teorií a metodologií dějin umění od antiky po současnost, vede speciální cvičení a semináře zabývající se otázkami jak přistupovat k interpretaci zejména malířských děl od 15. do 20. století se zřetelem zejména k dějinám italského malířství. V rámci svého odborného výzkumu, který realizuje také v Ústavu dějin umění AV ČR se zabývá středoevropskými dějinami umění 19. a 20. století, zaměřuje se především na vliv teorií dějin umění takzvané Vídeňsé školy dějin umění. Na toto téma organizoval tři mezinárodní konference, (2019 The Influence of the Vienna School before and after 1918; 2021 The 100th Anniversary of Max Dvořák’s Death; 2023 Origins, Modifications, and Influences of Its Theoretical Concepts) a spolupracuje s anglickým Journal of Art Historiography na přípravě sborníků z těchto konferencí. Podílí se také na přípravě překladové řady z filosofie, teorie a estetiky umění pro nakladatelství Academia s názvem Ars – Philosophia/Aesthetica/Theoria (2021 A. C. Danto, Po konci umění; 2023 R. Barilli Věda o kultuře a fenomenologie stylů) a pravidelně publikuje články zaměřené na teorii, historiografii a metodologii dějin umění v domácích i zahraničních odborných periodikách.