Jestliže cílem bakalářského stupně bylo nabytí komplexních znalostí ze všech období a oblastí dějin umění, v magisterském stupni se předpokládá jasná odborná specializace a schopnost kritické metodologické reflexe. V tomto směru se magisterské studium blíží navazujícímu doktorskému stupni, pro nějž je přípravou a východiskem. Stejně tak je ovšem i plnohodnotným završením studia, zacíleného na praxi uměnovědných či památkových institucích, v nichž je možno realizovat již během studia odborné stáže.

Studijní plán je navržen tak, aby se student mohl výběrem předmětů věnovat období a oblastem, které jej zajímají. Osou studia je společný magisterský seminář, kterého se účastní většina pedagogů ústavu a kde každý student prezentuje svou práci jak ve fázi formulace vstupních tematických a metodologických otázek, tak ve finále, kdy jsou zformulovány hlavní teze práce. Diskuse nad pracemi, respektive aktualitami z oboru, je cíleně vedena v širokém kruhu badatelů ze všech uměnovědných období a oblastí. Úlohou referenta je tak představit téma obsahově i metodologicky tak, aby obstálo v pohledu těch, kteří nesdílejí jeho specializaci.

Metodologický základ pro zpracování práce studentům poskytuje jednak přednáška současných metodologických tendencí dějin umění (doc. Marie Rakušanová), tak cyklus přednášek z filosofie umění (prof. Miroslav Petříček). Přednášky v rámci studia jsou výběrové. Při souborné zkoušce se očekává reflexe předem vybraného tématu z pozice uměnovědné literatury a různých metodologických přístupů a obecná orientace v umění daného období. Významné jsou opět semináře, jejichž volba je v magisterském stupni zcela na rozhodnutí studenta, přičemž se přirozeně předpokládá vazba na pedagoga, který vede magisterskou práci.

Při státní závěrečné zkoušce je kladen důraz jednak na období, kterému se student věnuje, jednak na metodologii oboru. V otázce, věnované dalším obdobím dějin umění, musí student prokázat schopnost obecného přehledu a hlavních uměnovědných souvislostí. V rámci magisterské práce student musí prokázat nejen suverénní práci s primární i sekundární literaturou a historickými prameny, ale i schopnost metodologické reflexe dosavadního bádání i vlastního přístupu. Práce musí obsahovat syntetický závěr, který není anotací ani shrnutím již řečeného, ale plnohodnotným syntetickým textem, který zkoumané téma finálně zhodnotí, zasadí do nových skutečností a zformuluje témata či otázky, kterými by se mělo bádání v dané oblasti dále zabývat.