Marie Klimešová pochází z rodiny historičky umění Marie Černé a teatrologa Františka Černého. Stejnými profesními směry se ubírala i její vysokoškolská studia, jejichž těžištěm se pak stalo výtvarné umění. Po studiu na pražském Gymnáziu Jana Nerudy byla roku 1970 přijata na katedru dějin umění FF UK, která následujícího roku prošla normalizačními čistkami a sloučením s katedrou estetiky. Soudobé umění se takřka neučilo a přednášky a semináře byly orientovány především na středověk — tomu odpovídala její diplomová práce zaměřená na sochařskou výzdobu dvou významných pražských středověkých staveb. Ještě za studií se jí však naskytla příležitost vycestovat na Západ díky francouzskému státnímu stipendiu na Université de Poitiers. Bohatě ji využila nejen k poznání historických památek, ale i umění současného, s nímž se setkávala na pařížských výstavách. Pobyt pro ni v tomto směru znamenal zásadní zlom; do Prahy se vrátila s novými zkušenostmi, které zanedlouho zúročila v řadě aktivit vztahujících se k současné tvorbě.
Výstav či pracovních setkání alternativní scény, na jejichž realizaci se podílela nebo se jich přímo aktivně účastnila, byla celá řada…
Po krátkém působení na Střední uměleckoprůmyslové škole získala Marie Klimešová místo odborné pracovnice Grafické sbírky Národní galerie. V té době zároveň začala díky mnoha kontaktům pronikat do neoficiální sféry. Psala aršíky, přispívala do samizdatového měsíčníku Acta incognitorum a jiných periodik. Stále více však postrádala komplexnější zhodnocení této oblasti, o něž se začátkem osmdesátých let pokusila v koncepci výstav na Dobříši, představujících novou generační vrstvu autorů, a v hájence letohrádku Hvězda, které ji měly propojit s generací střední a starší. Ostatně k této skupině umělců patřili také oba její manželé, Stanislav Judl (†1989) a Svatopluk Klimeš. Výstav či pracovních setkání alternativní scény, na jejichž realizaci se podílela nebo se jich přímo aktivně účastnila, byla celá řada — za všechny je třeba připomenout alespoň výtvarné sympozium Chmelnice ´83 v Mutějovicích nebo výstavu tří set autorů Prostor, architektura, výtvarné umění zamýšlenou ve stejném roce pro ostravské výstaviště Černá louka, které připravovala v době svého působení v Ústavu pro teorii a dějiny umění ČSAV.
Dalším zlomem v profesní dráze Marie Klimešové se stal rok 1987, kdy nastoupila na pozici vedoucí oddělení malby Galerie hlavního města Prahy, kde setrvala deset let. Spolu s dalšími kolegy získala pod záštitou tehdejšího ředitele Jaroslava Fatky ještě za bývalého režimu pro galerii vynikající díla představitelů druhé avantgardy, což ani v posledních letech před listopadovým převratem zdaleka nebylo samozřejmostí.
Výjimečným počinem této etapy se stala výstava Ohniska znovuzrození prezentovaná roku 1994 v sálech Městské knihovny v Praze, která veřejnosti poprvé představila v plné šíři období tzv. tání v českém výtvarném umění.
Po roce 1989 se široce zapojila do veřejného dění na poli výtvarného umění jako členka české sekce AICA, členka poroty pro udílení Ceny Jindřicha Chalupeckého a prvního obnoveného Zlínského salonu, poradních orgánů různých institucí nebo jako vedoucí Sekce muzeí a galerií a členka výboru Uměleckohistorické společnosti, které později předsedala; po čtyři roky působila také jako kurátorka Špálovy galerie. Výjimečným počinem této etapy se stala výstava Ohniska znovuzrození prezentovaná roku 1994 v sálech Městské knihovny v Praze, která veřejnosti poprvé představila v plné šíři období tzv. tání v českém výtvarném umění. Marie Klimešová se zároveň podílela na důležitých kolektivních publikacích — do Nové encyklopedie českého výtvarného umění přispěla hesly, za jejichž zpracování obdržela roku 1996 Cenu Akademie věd ČR, později připravila obsáhlé kapitoly pro sborník mapující českou nezávislou kulturu a pro závěrečné dva svazky akademických dějin umění.
Jak působení v Galerii hlavního města Prahy, tak i následujících pět let odborné práce ve Sbírce malby SMSU Národní galerie, kterou Marie Klimešová jako zastupující ředitelka po určitou dobu sama vedla, později bohatě zúročila ve své pedagogické praxi, kam se její profesní dráha obrátila po krátkém období činnosti v Národním muzeu. Přednášela také na olomoucké a brněnské univerzitě, kde získala doktorát, své trvalé místo ale našla tam, kde před lety sama studovala, na Ústavu pro dějiny umění, kde posílila výuku umění 20. století. S Vojtěchem Lahodou byla jednou z prvních, kdo se v přednáškových cyklech a seminářích specializoval na poválečnou tvorbu. Marie Klimešová, od roku 2005 odborná asistentka, od roku 2010 docentka a od roku 2018 profesorka FF UK, zaměřila svou pozornost na českou tvorbu s těžištěm v osobní zkušenosti, zároveň ale s mnoha přesahy časovými, lokálními či oborovými. Jak sama konstatuje, „cíleně se vrací do doby, kdy se narodila, pro jejíž plné poznání je však nutný daleko hlubší časový ponor, umožňující odhalit genezi jednotlivých událostí“.
V rámci semináře zprostředkovává díky svým kontaktům setkání s umělci, teoretiky a zástupci významných institucí, stejně jako s výtvarnými díly také studentům.
Její přednáškové cykly realizované na Ústavu pro dějiny umění FF UK od akademického roku 2003/2004 se tak přirozeně protínají s odborným zájmem, jehož výsledky měla veřejnost možnost poznat prostřednictvím dalšího komplexně pojatého projektu Roky ve dnech, který svým časovým vymezením předchází Ohniskům znovuzrození, či na výstavě Věci umění, věci doby: Skupina 42. A stejně jako celá období, jež dosud zůstávají stranou pozornosti, ji jako badatelku, kurátorku i pedagožku přitahují zároveň osudy osobností jako Alena Kučerová, Běla a Jiří Kolářovi, František Pacík, Stanislav Podhrázský, Zbyněk Sekal, Dagmar Hochová, Markéta Luskačová a dalších dlouho opomíjených umělců, jejichž tvorbu na základě důkladných průzkumů nově interpretuje v monografiích často spojených s objevnými výstavními počiny.
V rámci semináře vedeného od akademického roku 2005/2006 zprostředkovává díky svým kontaktům setkání s umělci, teoretiky a zástupci významných institucí, stejně jako s výtvarnými díly také studentům, kterým tak umožňuje — pro ni samotnou tolik důležité — živé spojení s uměním. Mezi těmi, kteří přijali pozvání do semináře v prvních letech jeho existence, byla Věra Jirousová, Helena Koenigsmarková, Eva Petrová, Ludmila Vachtová, Zdeněk Felix, Jan Kříž, Jiří Šetlík, Jaromír Zemina, Roman Buxbaum, pracovníci Vědecko-výzkumného pracoviště AVU Ivan Kafka nebo Stanislav Zippe.
Jiní se studentům věnovali přímo v expozicích, jejichž návštěvy spojené s dílčími příspěvky a živými diskusemi tvoří nedílnou součást koncepce výuky. Výjimkou nejsou ani cesty mimo Prahu, díky nimž mohli studenti mj. nahlédnout do práce bratrů Hůlových v Kostelci nad Černými lesy, sledovat výstavní realizace své vyučující či další aktuální dění v řadě kulturních center, nevyjímaje exkurze zahraniční. Pod jejím odborným dohledem měli zároveň několik příležitostí k vlastní kurátorské činnosti v Galerii K4.
Zodpovědnost a důslednost, s níž Marie Klimešová, ve svém oboru uznávaná vědecká i pedagogická autorita, přistupuje k vlastním projektům, se přirozeně odráží v nárocích na práci studentů bakalářského, magisterského i doktorského programu, jimž je však zároveň velkou oporou nejen svými zkušenostmi, ale i v rovině osobní. Ve veškeré její činnosti je přítomen výrazný prvek, patrný nejen v rozsáhlých projektech posledních let, ale už v koncepci raných výstav, totiž snaha o syntézu výpovědí vztahujících se k danému období. Své přednášky proto rozšiřuje o další obory, které teprve ve vzájemných souvislostech skládají výsledný obraz dění.