Zaměřuje se především na středověké a renesanční sochařství v Čechách a střední Evropě. Druhým těžištěm jejího působení je památková péče a problematika restaurování sochařských a malířských děl. Jako autorka či spoluautorka stojí za řadou významných výstavních a badatelských projektů středověkého umění, z nichž připomeňme alespoň Nad slunce krásnější: Plzeňská madona a krásný sloh, Bez hranic: Umění v Krušnohoří mezi gotikou a renesancí, Obrazy krásy a spásy: Gotika v jihozápadních Čechách. Působí také na ÚDKU KTF UK.

Nejdůležitější publikace:

• JINDRA Petr  – OTTOBVÁ Michaela (eds.), Nad slunce krásnější, Plzeňská madona a krásný sloh, Plzeň – Praha, 2020 (vyšlo 2021)
• OTTOVÁ, Michaela (ed.). Galerie a muzeum litoměřické diecéze JAKO HOST Arcidiecézního muzea Olomouc/ Litoměřice Diocese Gallery and Museum VISITING Olomouc Archdiocesan Museum. Litoměřice/Olomouc: Severočeská galerie výtvarného umění v Litoměřicích ve spolupráci s Muzeem umění Olomouc, 2020
• OTTOVÁ Michaela (ed.): Živá spojení. Lucas Cranach a severozápadní Čechy, Praha – Litoměřice 2019
• OTTOVÁ Michaela: Gothic Sculpture in Ore Mountains  Region, in: Aleš Mudra – Michaela Ottová (eds): (Art) Without Borders: Studies on the Medieval Art and Architecture in the Ore Mountains Region, FF UK Praha 2015
• KLÍPA Jan – OTTOVÁ Michaela (eds.), Bez hranic. Umění v Krušnohoří mezi gotikou a renesancí, katalog výstavy, Národní galerie v Praze, Praha 2015, 850 stran, podíl cca 15 procent.