Po vynuceném a nešťastném odchodu Václava Wagnera ztratil Ústav pro dějiny umění tradiční přímou vazbu na prostředí odborné státní památkové péče. Po krátkém působení Zdeňka Wirtha a Vladimíra Denksteina na začátku padesátých let tuto vazbu znovu obnovil až Viktor Kotrba, který jako externista vyučoval na FF UK až do své smrti v roce 1973.
Kotrba se narodil 7. května 1906 v bavorském Gürzburgu. Rodinné zázemí jeho další dráhu ovlivnilo jak německo-českým původem, tak uměleckým zaměřením — umění nebo uměleckému řemeslu se věnoval nejen Kotrbův otec, ale i většina jeho sourozenců.
Vzdělání a první odborné zkušenosti nejprve sbíral v rodném Bavorsku — studoval architekturu na mnichovské polytechnice (absolvoval nicméně v roce 1933 státní zkouškou v Brně) a vedle toho také na zdejší univerzitě navštěvoval přednášky z dějin umění, mimo jiné se zde setkal s Wilhelmem Pinderem. Profesní dráhu začínal jako architekt, projektant v brněnské firmě Jaroslava Stockera-Bernhofa, nicméně brzy se vrátil zpět do Německa, kde se začal podílet na památkovém soupisu Šlesvicko-Holstýnska. V českých zemích tak definitivně zakotvil až v roce 1937, kdy zahájil studium na Ústavu pro dějiny umění FF UK u Antonína Matějčka, které ovšem kvůli válečné césuře dokončil až v roce 1951. Roku 1938 Kotrba — údajně na přímluvu Zdeňka Wirtha — nastoupil do Státního fotoměřičského ústavu v Praze a o dva roky později do Státního památkového úřadu v Praze. Jeho přednostou byl v té době Václav Wagner, který Kotrbu podle všeho silně ovlivnil. Za války se Kotrba zapojil také do činnosti Klubu Za starou Prahu, v jehož Domácí radě zasedal ve čtyřicátých a později ještě šedesátých letech.
Kotrbova profesní dráha byla s památkovým ústavem spojena téměř dvě desetiletí, konkrétně do roku 1958. Tehdy, v době, kdy byl schválen nový památkový zákon a probíhala reorganizace památkových orgánů, nastoupil do Ústavu teorie a dějin umění ČSAV jako vědecký pracovník, člen redakční rady časopisu Umění a později jako vedoucí oddělení architektury. Jeho kariéra tedy byla jedním z výjimečných případů, kdy se dlouholetá profesionální dráha v památkové péči proměnila v dráhu čistě akademickou. V ČSAV působil až do své smrti v roce 1973.
Ve své badatelské práci se Kotrba zpočátku profiloval zejména jako odborník na středověké umění, především architekturu, což se odráželo jak v tématu jeho diplomové práce, tak v prvních publikovaných studiích — opakovaně se vracel zejména k proslulým gotickým dílům v Levoči a k práci Petra Parléře ve svatovítské katedrále. Rejstřík jeho zájmů se ale postupně rozšiřoval směrem k architektuře 17. a 18. století, a to jak k tzv. menším mistrům, tak významným osobnostem barokní architektury v Čechách. Vzhledem k těmto zájmům proto není divu, že dodnes patrně nejznámější součástí Kotrbova badatelského odkazu jsou jeho texty věnované Janu Blažeji Santinimu a fenoménu barokní gotiky — zejména posmrtně vydaná monografie z roku 1976. Přestože tuto práci zastínilo pozdější životní dílo Mojmíra Horyny, je třeba připomenout, že to byl právě Kotrba, kdo se po pionýrské studii Zdeňka Wirtha jako první pokusil o skutečně ucelenou interpretaci Santiniho životní a umělecké dráhy.
Zájem o propojování barokního a gotického tvarosloví byl u Kotrby podpořen i jeho specifickým vzděláním. Jako vystudovaný architekt měl pochopení nejen pro formálně-analytickou stránku architektury, ale také pro její strukturální a tektonickou podstatu. Jeho příspěvky k dějinám parléřovské gotiky nebo architektuře tzv. vrcholného baroka tak jsou cenné nejen díky řadě poznatků historického a stylově-kritického rázu, ale také pro snahu o charakteristiku a intepretaci vnitřních zákonitostí jednotlivých forem architektury.
Přestože se Kotrba po nástupu do ČSAV profiloval jednoznačně jako historik architektury, ve svém pedagogickém zaměření zůstával věrný svým památkářským kořenům. Na katedře začal vést kurzy věnované památkové péči v polovině padesátých let: nastoupil jako náhrada za svého někdejšího přednostu a učitele Václava Wagnera, když se kurzu kvůli dalšímu pracovnímu vytížení museli vzdát prominentní historici umění Zdeněk Wirth a Vladimír Denkstein. Kotrba pak studenty katedry prováděl dějinami, teorií a praxí památkové péče po zbytek padesátých a celá šedesátá léta. Na katedře působil i po nástupu normalizace — přednášel až do své smrti v roce 1973. Byl tak jedním z nejdéle „sloužících“ externích pedagogů v dějinách pražské uměnovědné katedry.